Uma das áreas da ciência que vem se caracterizando pelo acelerado desenvolvimento tecnológico no seu campo de atuação, são os laboratórios.
Conciliando técnicas tradicionais com o surgimento de novos equipamentos e inovações tecnológicas, essa é uma das áreas que exigem aperfeiçoamento e atualizações constantes, como de fato ocorre em uma unidade universitária.
Para estruturar as atividades assistênciais e científicas, fortalecendo ainda a capacitação docente e a promoção da formação de profissionais de alto nível, existem no CAISM oito laboratórios que asseguram a demanda de milhões de exames de pacientes do CAISM.
Hoje, a estrutura laboratorial do CAISM atua nas áreas de citopatologia, bioquímica, hormônios, microbiologia do trato genital feminino, parasitologia, urinálise, marcadores tumoraes, biologia molecular e citogenética e cultivo celular.